Dopo l’entrata in vigore della Legge n. 240 del 30 dicembre 2010 e del nuovo Statuto dell’Ateneo, nel 2012 l’Università dell’Aquila ha riorganizzato le proprie strutture didattiche e di ricerca. Sono stati istituiti sette dipartimenti che promuovono, coordinano e organizzano sia le attività di ricerca scientifica che le attività didattiche e di formazione: Dipartimento di Ingegneria civile, edile - architettura, ambientale, Dipartimento di Ingegneria e scienze dell'informazione e matematica, Dipartimento di Ingegneria industriale e dell'informazione e di economia, Dipartimento di Medicina clinica, sanità pubblica, scienze della vita e dell'ambiente, Dipartimento di Scienze cliniche applicate e biotecnologiche, Dipartimento di Scienze fisiche e chimiche, Dipartimento di Scienze umane.

L'Università dell'Aquila ha tre centri di eccellenza per la ricerca (CETEMPS, DEWS, EX-EMERGE) e cinque centri di ricerca interdipartimentali (CERFIS, CITRAMS, DMTA, Heritechne, M&MOCS).

L'ateneo aquilano cura il Giardino Botanico Alpino, situato nei pressi della stazione di arrivo della Funivia del Gran Sasso, il quale sui 3000 mq di estensione presenta piante montane del Gran Sasso, endemismi centro appenninici, piante relitte alpine, piante di origine orientale-balcanica e piante medicinali.

L'attività scientifica e didattica dei docenti di fisica dell'Università si collega ai Laboratori Nazionali del Gran Sasso (LNGS) dell'Istituto Nazionale di Fisica Nucleare. Nei laboratori, realizzati negli anni '80 a fianco del tunnel autostradale che attraversa il massiccio del Gran Sasso, protetti da 1400 metri di roccia, si svolgono ricerche di astrofisica, cosmologia, di fisica nucleare e di geofisica.

L'attività scientifica e didattica di docenti dell'Università dell’Aquila si collega anche al Gran Sasso Science Institute, scuola di dottorato internazionale e centro di studi avanzati in fisica, matematica, informatica e scienze sociali, con sede all’Aquila.

I Dipartimenti hanno collegamenti e scambi culturali e scientifici con centri di ricerca di ogni parte del mondo. Molte le ricerche che interagiscono con le realtà produttive operanti in settori di alta tecnologia; rapporti di collaborazione scientifica si sono stabiliti ad esempio con la Dompè, importante industria del settore farmaceutico che ha insediato a L'Aquila un complesso produttivo e un importante centro di ricerca.

Il terremoto che ha colpito L'Aquila il 6 Aprile 2009 ha portato lutti e distruzione anche all'Università dell'Aquila. Subito dopo quel tragico evento, studenti, docenti e personale tecnico-amministrativo hanno manifestato la ferma determinazione a non lasciarsi sopraffare dal disastro e hanno ripreso con decisione e orgoglio la missione che svolgono con riconosciuta serietà.